| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-208-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-208 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-208a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-208-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-208-P2 Ami-Mir-208-P2 Bta-Mir-208-P2 Cfa-Mir-208-P2 Cja-Mir-208-P2 Cpi-Mir-208-P2 Cpo-Mir-208-P2 Dno-Mir-208-P2 Eca-Mir-208-P2 Ete-Mir-208-P2 Gja-Mir-208-P2 Hsa-Mir-208-P2 Laf-Mir-208-P2 Lch-Mir-208-P2 Mdo-Mir-208-P2 Mml-Mir-208-P2 Mmu-Mir-208-P2 Oan-Mir-208-P2 Pab-Mir-208-P2 Pbv-Mir-208-P2 Rno-Mir-208-P2 Sha-Mir-208-P2 Spt-Mir-208-P2 Xla-Mir-208-P2a Xla-Mir-208-P2b Xtr-Mir-208-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr17: 43584310-43584366 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-208-P2) |
Mir-208-P2
chr17: 43584310-43584366 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-208-P1-v1 chr17: 43610547-43610603 [-] UCSC Ensembl Mir-208-P1-v2 chr17: 43610547-43610603 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGACG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUGGCCCUGACCCACUUCCUGUGACAGGCGAGCUUUUAGCCCGGGUUAUACCUGAUGCUCACGUAUAAGACGAGCAAAAAGCUUGUUGGUCAGAGGAGCUACCGUCGAUGAGCCUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCUGGCCCUGACCCACU--| G AG A C GG CUGAU UCCU UGAC GCGAGCUUUU GC CG UUAUAC \ AGGA ACUG UGUUCGAAAA CG GC AAUAUG G GUCCGAGUAGCUGCCAUCG^ G GU A A AG CACUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-208-P2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAGCUUUUAGCCCGGGUUAUAC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-208-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUAAGACGAGCAAAAAGCUUGU -57
Get sequence
|
