MirGeneDB ID | Cpo-Mir-208-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-208 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGACG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-208a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-208-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-208-P2 Ami-Mir-208-P2 Bta-Mir-208-P2 Cfa-Mir-208-P2 Cpi-Mir-208-P2 Dno-Mir-208-P2 Ete-Mir-208-P2 Gja-Mir-208-P2 Hsa-Mir-208-P2 Lch-Mir-208-P2 Mdo-Mir-208-P2 Mml-Mir-208-P2 Mmu-Mir-208-P2 Oan-Mir-208-P2 Ocu-Mir-208-P2 Pbv-Mir-208-P2 Rno-Mir-208-P2 Sha-Mir-208-P2 Spt-Mir-208-P2 Xla-Mir-208-P2a Xla-Mir-208-P2b Xtr-Mir-208-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_13: 17471070-17471126 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-208-P2) |
Mir-208-P1
scaffold_13: 17445268-17445324 [+]
UCSC
Mir-208-P2 scaffold_13: 17471070-17471126 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUGGCCCUGACCCACUUCCUGUGACGGGCGAGCUUUUGGCCCGGGUUAUACCUAAUGCUCACGUAUAAGACGAGCAAAAAGCUUGUUGGUCAGAGGAGCACUCAUCGAUCAGCCUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCUGGCCCUGACCCACU--| G G G C GG CUAAU UCCU UGAC GGCGAGCUUUU GC CG UUAUAC \ AGGA ACUG UUGUUCGAAAA CG GC AAUAUG G AUCCGACUAGCUACUCACG^ G G A A AG CACUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpo-Mir-208-P2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAGCUUUUGGCCCGGGUUAUAC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpo-Mir-208-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AUAAGACGAGCAAAAAGCUUGU -57
Get sequence
|