MirGeneDB ID | Neu-Mir-7398-P23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7398 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tammar Wallaby (Notamacropus eugenii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Neu-Mir-7398-o7a Neu-Mir-7398-o7b Neu-Mir-7398-o7c Neu-Mir-7398-o13 Neu-Mir-7398-o14 Neu-Mir-7398-P5 Neu-Mir-7398-P9f Neu-Mir-7398-P9g Neu-Mir-7398-P21a Neu-Mir-7398-P21b Neu-Mir-7398-P24 Neu-Mir-7398-P26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Mdo-Mir-7398-P23a Mdo-Mir-7398-P23b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028372415.1_mMacEug1.pri) |
CM051820.1: 76354266-76354324 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7398-P23) |
Mir-7398-P5
CM051820.1: 76331935-76331995 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7398-P9g CM051820.1: 76333901-76333959 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P9f CM051820.1: 76334563-76334621 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-o7a CM051820.1: 76338802-76338860 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-o7b CM051820.1: 76339936-76339994 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-o7c CM051820.1: 76340242-76340300 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P21a CM051820.1: 76345814-76345868 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P23 CM051820.1: 76354266-76354324 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P24 CM051820.1: 76358199-76358257 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-o13 CM051820.1: 76359288-76359344 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-o14 CM051820.1: 76361111-76361170 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P26 CM051820.1: 76361577-76361636 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P21b CM051820.1: 76365212-76365266 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACCUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCCUGUGAUUUCUCCUCCAGGUGCCCCACUGUGAAGAGGGGAGUGAGGAUACUGUGCACUAUCAGGUAACCUUUCCUACUCUCACUGUGGGGCAUCUUGGACUCCUCUCCUGGACUCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGCCUGUGAUUUCUCCU- -| U A - GU A CUGUGCA CC AGGUGCCCCAC GUGA GAG GGGA GAGG UA \ GG UCUACGGGGUG CACU CUC UCCU UUCC AU C CCUCAGGUCCUCUCCUCA U^ U - A -- A GGACUAU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Neu-Mir-7398-P23_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUGAAGAGGGGAGUGAGGAUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Neu-Mir-7398-P23_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAACCUUUCCUACUCUCACUGU -59
Get sequence
|