| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Lch-Mir-203 Spt-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr12: 112130889-112130948 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v2) |
Mir-3073-as
chr12: 112109250-112109309 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-3073 chr12: 112109252-112109311 [+] UCSC Ensembl Mir-203-v1 chr12: 112130889-112130948 [+] UCSC Ensembl Mir-203-v2 chr12: 112130889-112130948 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmu-Mir-203-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAACUUCUGUGUGCAGGCGCGCCUGGUCCAGUGGUUCUUGACAGUUCAACAGUUCUGUAGCACAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUAGACCCGGCGCGCACGGCGGCGACGACAGCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGAACUUCUGUGUGCAG--| U C U G A GUUCUGU GCGCGCC GGUC AGUGGUUCU GACA UUCA CA \ CGCGCGG CCAG UCACCAGGA UUGU AAGU GU A GACGACAGCAGCGGCGGCA^ C A U A - UAACACG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-203-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004547 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUGACAGUUCAACA -22
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004547 TargetScanVert: mmu-miR-203-5p miRDB: MIMAT0004547 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-203-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000236 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUAG -60
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000236 TargetScanVert: mmu-miR-203-3p.1 miRDB: MIMAT0000236 |
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| Variant | Mmu-Mir-203-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAACUUCUGUGUGCAGGCGCGCCUGGUCCAGUGGUUCUUGACAGUUCAACAGUUCUGUAGCACAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUAGACCCGGCGCGCACGGCGGCGACGACAGCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGAACUUCUGUGUGCAG--| U C U G A UUCUGU GCGCGCC GGUC AGUGGUUCU GACA UUCA CAG \ CGCGCGG CCAG UCACCAGGA UUGU AAGU GUU A GACGACAGCAGCGGCGGCA^ C A U A - AACACG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-203-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004547 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUGACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004547 TargetScanVert: mmu-miR-203-5p miRDB: MIMAT0004547 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-203-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000236 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUAG -60
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000236 TargetScanVert: mmu-miR-203-3p.1 miRDB: MIMAT0000236 |
