MirGeneDB ID | Mmu-Mir-3073-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3073 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-3073b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-3073 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr12: 112109250-112109309 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3073-as) |
Mir-3073-as
chr12: 112109250-112109309 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-3073 chr12: 112109252-112109311 [+] UCSC Ensembl Mir-203-v1 chr12: 112130889-112130948 [+] UCSC Ensembl Mir-203-v2 chr12: 112130889-112130948 [+] UCSC Ensembl |
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Seed | UGGUCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUCCACCUGGCCUCCUGCUGGCCUGCACUAUGGUCACAGUGGACAUCAACCCAUCUAGACUCUAGGGCUGGCGCCAACUGUGACCACUGGGCAGGAACAGCUUUGGCUACUCCGUGCAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CCUCCACCUGGCCUCCU- G- A - -| ACA A CAUCUA GCUG CCUGC CUA UGGUCACAG UGG UCA CC G CGAC GGACG GGU ACCAGUGUC ACC GGU GG A GACGUGCCUCAUCGGUUU AA - C A^ GC- C GAUCUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-3073-as_5p |
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mirBase accession | MIMAT0022375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUGGUCACAGUGGACAUCAACC -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3073b-5p miRDB: MIMAT0022375 |
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Star sequence | Mmu-Mir-3073-as_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0022376 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CUGGCGCCAACUGUGACCACUG -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3073b-3p miRDB: MIMAT0022376 |