| MirGeneDB ID | Mmr-Mir-1307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1307 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmr-mir-1307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmr-Mir-1307-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1307 Cfa-Mir-1307 Cja-Mir-1307 Dno-Mir-1307 Eca-Mir-1307 Hsa-Mir-1307 Mml-Mir-1307 Ocu-Mir-1307 Pab-Mir-1307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007675.1: 52866944-52867005 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1307-v2) |
Mir-1307-v1
CM007675.1: 52866944-52867005 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-1307-v2 CM007675.1: 52866944-52867005 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmr-Mir-1307-v2 |
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| Seed | UCGGCGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCUGAGUCGCUGCCACUGCCUACCAAUCUCGACCGGACCUCGACCGGCUCGUCUGUAUUGCCAAUCGACUCGGCGUGGCGUCGGUCGUGGUAGAUAGGCGGUCAUACAUACGAAUUUUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGCUGAGUCGCUGCCA-- CCA U A-| U A GC GUCUGUA CUGCCUA AUC CGACCGG CC CG CCG UC U GGCGGAU UGG GCUGGCU GG GC GGC AG U ACUUUUAAGCAUACAUACU AGA U GC^ U - UC CUAACCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmr-Mir-1307-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0049136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGACCGGACCUCGACCGGCUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mmr-Mir-1307-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUCGGCGUGGCGUCGGUCGUGG -62
Get sequence
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| Variant | Mmr-Mir-1307-v1 |
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| Seed | CUCGGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCUGAGUCGCUGCCACUGCCUACCAAUCUCGACCGGACCUCGACCGGCUCGUCUGUAUUGCCAAUCGACUCGGCGUGGCGUCGGUCGUGGUAGAUAGGCGGUCAUACAUACGAAUUUUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGCUGAGUCGCUGCCA-- CCA U A-| U A GC UCUGUA CUGCCUA AUC CGACCGG CC CG CCG UCG U GGCGGAU UGG GCUGGCU GG GC GGC AGC U ACUUUUAAGCAUACAUACU AGA U GC^ U - UC UAACCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmr-Mir-1307-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0049136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGACCGGACCUCGACCGGCUCG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Mmr-Mir-1307-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACUCGGCGUGGCGUCGGUCGUGG -62
Get sequence
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