| MirGeneDB ID | Mml-Mir-154-P30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mml-mir-409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mml-Mir-154-P1 Mml-Mir-154-P2-v1 Mml-Mir-154-P3-v1 Mml-Mir-154-P4 Mml-Mir-154-P5 Mml-Mir-154-P6a-v1 Mml-Mir-154-P6b Mml-Mir-154-P7 Mml-Mir-154-P8a Mml-Mir-154-P8b Mml-Mir-154-P9 Mml-Mir-154-P10 Mml-Mir-154-P11 Mml-Mir-154-P12 Mml-Mir-154-P14 Mml-Mir-154-P16a Mml-Mir-154-P16b Mml-Mir-154-P17 Mml-Mir-154-P18 Mml-Mir-154-P19 Mml-Mir-154-P20 Mml-Mir-154-P21 Mml-Mir-154-P23 Mml-Mir-154-P24 Mml-Mir-154-P25 Mml-Mir-154-P26 Mml-Mir-154-P28-v1 Mml-Mir-154-P29 Mml-Mir-154-P31 Mml-Mir-154-P32 Mml-Mir-154-P33 Mml-Mir-154-P34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-154-P30 Cfa-Mir-154-P30 Cja-Mir-154-P30 Cpo-Mir-154-P30 Dno-Mir-154-P30 Eca-Mir-154-P30 Ete-Mir-154-P30 Hsa-Mir-154-P30 Laf-Mir-154-P30 Mmr-Mir-154-P30 Mmu-Mir-154-P30 Ocu-Mir-154-P30 Pab-Mir-154-P30 Rno-Mir-154-P30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003339765.3_Mmul_10_traces) |
CM014342.1: 163285427-163285480 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P30) |
Mir-154-P1
CM014342.1: 163243569-163243627 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v2 CM014342.1: 163244837-163244894 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 CM014342.1: 163244838-163244893 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v1 CM014342.1: 163245294-163245348 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v2 CM014342.1: 163245295-163245347 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4 CM014342.1: 163246515-163246571 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 CM014342.1: 163247081-163247136 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v1 CM014342.1: 163247243-163247298 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v2 CM014342.1: 163247243-163247298 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P7 CM014342.1: 163247536-163247593 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8a CM014342.1: 163248299-163248356 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8b CM014342.1: 163248615-163248673 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 CM014342.1: 163250281-163250336 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 CM014342.1: 163250699-163250755 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P11 CM014342.1: 163252625-163252682 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 CM014342.1: 163254476-163254533 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P1 CM014342.1: 163259558-163259615 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 CM014342.1: 163259895-163259952 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P3 CM014342.1: 163260280-163260337 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P14 CM014342.1: 163260433-163260488 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 CM014342.1: 163260659-163260716 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P5 CM014342.1: 163260987-163261044 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16a CM014342.1: 163263188-163263247 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16b CM014342.1: 163264408-163264467 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 CM014342.1: 163266126-163266188 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 CM014342.1: 163266668-163266725 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 CM014342.1: 163267518-163267581 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20 CM014342.1: 163268097-163268155 [+] UCSC Ensembl Mir-544 CM014342.1: 163268872-163268928 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 CM014342.1: 163269776-163269835 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 CM014342.1: 163272640-163272697 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 CM014342.1: 163274493-163274550 [+] UCSC Ensembl Mir-134 CM014342.1: 163274871-163274931 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 CM014342.1: 163275605-163275663 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6b CM014342.1: 163276404-163276460 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 CM014342.1: 163279927-163279984 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28-v2 CM014342.1: 163280786-163280841 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28-v1 CM014342.1: 163280787-163280840 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29 CM014342.1: 163282167-163282226 [+] UCSC Ensembl Mir-541 CM014342.1: 163284614-163284679 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 CM014342.1: 163285427-163285480 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P31 CM014342.1: 163285578-163285632 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P32 CM014342.1: 163285718-163285773 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 CM014342.1: 163286036-163286092 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P34 CM014342.1: 163286843-163286898 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAUGUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUCUGAGCCUCUCCAUGGUACUCGGGGAGAGGUUACCCGAGCAACUUUGCAUCUGGACGACGAAUGUUGCUCGGUGAACCCCUUUUCGGUAUCAAAUUCCACCAGGGAGGCCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAUCUGAGCCUCUCCAU---| U GG A AC - CAUCU GGUAC CG GAG GGUU CCGAGCAAC UUUG \ CUAUG GC UUC CCAA GGCUCGUUG AAGC G GCCGGAGGGACCACCUUAAA^ - UU C GU U AGCAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | This gene was classified as a non-canonical miRNA in Fromm et al. (2015) given that the Dicer cut is consistently +4. However, the Drosha cut is +2 and reads are abrogated with the Drosha knock-out and hence it is accepted here. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mml-Mir-154-P30_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0006314 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUUACCCGAGCAACUUUGCAU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-409-5p |
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| Mature sequence | Mml-Mir-154-P30_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
32- GAAUGUUGCUCGGUGAACCCCU -54
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-409-3p |
