| MirGeneDB ID | Ete-Mir-154-P30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ete-Mir-154-P1 Ete-Mir-154-P2-v1 Ete-Mir-154-P3-v1 Ete-Mir-154-P4 Ete-Mir-154-P5 Ete-Mir-154-P6a-v1 Ete-Mir-154-P7 Ete-Mir-154-P8a Ete-Mir-154-P8b Ete-Mir-154-P9 Ete-Mir-154-P10 Ete-Mir-154-P11 Ete-Mir-154-P12 Ete-Mir-154-P16 Ete-Mir-154-P17 Ete-Mir-154-P18 Ete-Mir-154-P19 Ete-Mir-154-P20 Ete-Mir-154-P21 Ete-Mir-154-P22 Ete-Mir-154-P23 Ete-Mir-154-P24 Ete-Mir-154-P26 Ete-Mir-154-P27 Ete-Mir-154-P28-v1 Ete-Mir-154-P29 Ete-Mir-154-P31 Ete-Mir-154-P32 Ete-Mir-154-P33 Ete-Mir-154-P34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-154-P30 Cfa-Mir-154-P30 Cja-Mir-154-P30 Cpo-Mir-154-P30 Dno-Mir-154-P30 Eca-Mir-154-P30 Hsa-Mir-154-P30 Laf-Mir-154-P30 Mml-Mir-154-P30 Mmr-Mir-154-P30 Mmu-Mir-154-P30 Ocu-Mir-154-P30 Pab-Mir-154-P30 Rno-Mir-154-P30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980297: 82277923-82277976 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P30) |
Mir-154-P34
JH980297: 82276695-82276750 [-]
UCSC
Mir-154-P33 JH980297: 82277338-82277393 [-] UCSC Mir-154-P32 JH980297: 82277602-82277657 [-] UCSC Mir-154-P31 JH980297: 82277759-82277814 [-] UCSC Mir-154-P30 JH980297: 82277923-82277976 [-] UCSC Mir-541 JH980297: 82278837-82278902 [-] UCSC Mir-154-P29 JH980297: 82280825-82280884 [-] UCSC Mir-154-P28-v1 JH980297: 82282453-82282506 [-] UCSC Mir-154-P28-v2 JH980297: 82282453-82282507 [-] UCSC Mir-154-P27 JH980297: 82283027-82283087 [-] UCSC Mir-154-P26 JH980297: 82283342-82283399 [-] UCSC Mir-154-P24 JH980297: 82286121-82286178 [-] UCSC Mir-154-P23 JH980297: 82289421-82289478 [-] UCSC Mir-154-P22 JH980297: 82289866-82289919 [-] UCSC Mir-154-P21 JH980297: 82292032-82292087 [-] UCSC Mir-544 JH980297: 82292945-82293002 [-] UCSC Mir-154-P20 JH980297: 82293709-82293767 [-] UCSC Mir-154-P19 JH980297: 82294247-82294309 [-] UCSC Mir-154-P18 JH980297: 82295038-82295095 [-] UCSC Mir-154-P17 JH980297: 82295571-82295632 [-] UCSC Mir-154-P16 JH980297: 82297259-82297317 [-] UCSC Mir-376-P5 JH980297: 82299038-82299095 [-] UCSC Mir-376-P3 JH980297: 82299393-82299449 [-] UCSC Mir-376-P2 JH980297: 82299763-82299820 [-] UCSC Mir-154-P12 JH980297: 82304366-82304423 [-] UCSC Mir-154-P11 JH980297: 82306192-82306249 [-] UCSC Mir-154-P10 JH980297: 82308168-82308225 [-] UCSC Mir-154-P9 JH980297: 82308566-82308621 [-] UCSC Mir-154-P8b JH980297: 82310362-82310421 [-] UCSC Mir-154-P8a JH980297: 82310687-82310746 [-] UCSC Mir-154-P7 JH980297: 82311414-82311474 [-] UCSC Mir-154-P6a-v1 JH980297: 82311717-82311772 [-] UCSC Mir-154-P6a-v2 JH980297: 82311717-82311772 [-] UCSC Mir-154-P5 JH980297: 82311879-82311934 [-] UCSC Mir-154-P4 JH980297: 82312419-82312475 [-] UCSC Mir-154-P3-v1 JH980297: 82313639-82313693 [-] UCSC Mir-154-P3-v2 JH980297: 82313640-82313692 [-] UCSC Mir-154-P2-v2 JH980297: 82314106-82314163 [-] UCSC Mir-154-P2-v1 JH980297: 82314107-82314162 [-] UCSC Mir-154-P1 JH980297: 82315445-82315503 [-] UCSC |
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| Seed | AAUGUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACCCGAGCCUGUGCGUGGUACGCGGGGAGAGGUUACCCGAGCAACUUUGCAUCUGGACGACGAAUGUUGCUCGGUGAACCCCAUCUCGGUAUCAGAAUCCACCGGGGAGGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACCCGAGCCUGUGCGU---| G AGA AC - CAUCU GGUAC CGGGG GGUU CCGAGCAAC UUUG \ CUAUG GCUCU CCAA GGCUCGUUG AAGC G ACCGGAGGGGCCACCUAAGA^ - ACC GU U AGCAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | This gene was classified as a non-canonical miRNA in Fromm et al. (2015) given that the Dicer cut is consistently +4. However, the Drosha cut is +2 and reads are abrogated with the Drosha knock-out and hence it is accepted here. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ete-Mir-154-P30_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUUACCCGAGCAACUUUGCAU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ete-Mir-154-P30_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
32- GAAUGUUGCUCGGUGAACCCCA -54
Get sequence
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