| MirGeneDB ID | Mal-Mir-142-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-142-P2-v1 Mal-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-142-P4-v1 Ami-Mir-142-P4-v1 Cpi-Mir-142-P4-v1 Dre-Mir-142-P4-v1 Gja-Mir-142-P4-v1 Gmo-Mir-142-P4-v1 Lch-Mir-142-P4 Mun-Mir-142-P4 Pbv-Mir-142-P4-v1 Tni-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884934.1: 669473-669532 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P4-v3) |
Mir-142-P4-v4
KV884934.1: 669471-669534 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P4-v1 KV884934.1: 669473-669532 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P4-v2 KV884934.1: 669473-669532 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P4-v3 KV884934.1: 669473-669532 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mal-Mir-142-P4-v3 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGAAGCUGCUGAUGUACAGUGUUGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUUUACUGCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUAUACUGUUGGCUGCGAAGGACUGUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGAAGCUGCUGAUGUA--| UG C A UAAACUUU CAGUGU UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A GUCAUA AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C AUGUCAGGAAGCGUCGGUU^ UG A C UGACACGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-142-P4-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUAA -23
Get sequence
|
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| Mature sequence | Mal-Mir-142-P4-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
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| Variant | Mal-Mir-142-P4-v1 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGAAGCUGCUGAUGUACAGUGUUGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUUUACUGCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUAUACUGUUGGCUGCGAAGGACUGUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGAAGCUGCUGAUGUA--| UG C A UAAACUUU CAGUGU UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A GUCAUA AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C AUGUCAGGAAGCGUCGGUU^ UG A C UGACACGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-142-P4-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
|
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| Star sequence | Mal-Mir-142-P4-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
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| Variant | Mal-Mir-142-P4-v2 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGAAGCUGCUGAUGUACAGUGUUGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUUUACUGCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUAUACUGUUGGCUGCGAAGGACUGUAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAGAAGCUGCUGAUGUA--| UG C A UAAACUUU CAGUGU UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A GUCAUA AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C AUGUCAGGAAGCGUCGGUU^ UG A C UGACACGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
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| Mature sequence | Mal-Mir-142-P4-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUA -22
Get sequence
|
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| Co-mature sequence | Mal-Mir-142-P4-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
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| Variant | Mal-Mir-142-P4-v4 |
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| Seed | CCAUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAAGAAGCUGCUGAUGUACAGUGUUGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUUUACUGCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUAUACUGUUGGCUGCGAAGGACUGUAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACAAGAAGCUGCUGAUGU--| UG C A UAAACUUU ACAGUGU UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC A UGUCAUA AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CAAUGUCAGGAAGCGUCGGU^ UG A C UGACACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-142-P4-v4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAUAAAGUAGAAAGCACUAC -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Mal-Mir-142-P4-v4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AGUGUUUCCUACUUUAUGGAUG -64
Get sequence
|
