| MirGeneDB ID | Lpo-Let-7-P16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lpo-Let-7-P15 Lpo-Let-7-P17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aga-Let-7 Agr-Let-7 Bge-Let-7 Bko-Let-7 Bpl-Let-7 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dlo-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Eba-Let-7 Egr-Let-7 Esc-Let-7 Gpa-Let-7 Gsa-Let-7 Gsp-Let-7 Hme-Let-7 Hmi-Let-7 Hru-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lgi-Let-7 Lhy-Let-7 Llo-Let-7 Mgi-Let-7 Mom-Let-7 Npo-Let-7 Obi-Let-7 Ofu-Let-7 Ovu-Let-7 Pau-Let-7 Pca-Let-7 Pcr-Let-7 Pdu-Let-7 Pfl-Let-7 Ple-Let-7 Pmi-Let-7 Pve-Let-7 Rph-Let-7 Sko-Let-7 Sma-Let-7 Sne-Let-7 Snu-Let-7 Spu-Let-7 Sro-Let-7 Tca-Let-7 Tur-Let-7 War-Let-7 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013665688.1: 593421-593488 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P16) |
Mir-10-P3p
NW_013665688.1: 584358-584414 [-]
Ensembl
Let-7-P16 NW_013665688.1: 593421-593488 [-] Ensembl Novel-1 NW_013665688.1: 595096-595157 [-] Ensembl Mir-10-P2p NW_013665688.1: 595479-595542 [-] Ensembl |
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| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAUUGUUACAUCAAGGGGUGUUCUCGGUGUGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUUGAGAACUACAUCUUUGGGGAGAACUGUACAGCCUGCUAACUUUCCCCGGGUCACACCAUAUCAACCAGAAAUUUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAUUGUUACAUCAAGG-- U-| UGU G GAGAACUACA GGUGU CUCGG GAG UAGUAGGUUGUAUGGUU \ CCACA GGGCC UUC AUCGUCCGACAUGUCAA U UGUUUAAAGACCAACUAUA CU^ CCU A GAGGGGUUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lpo-Let-7-P16_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Lpo-Let-7-P16_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- CUGUACAGCCUGCUAACUUUCCC -68
Get sequence
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