| MirGeneDB ID | Lpo-Novel-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LPO-NOVEL-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013665688.1: 595096-595157 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-1) |
Mir-10-P3p
NW_013665688.1: 584358-584414 [-]
Ensembl
Let-7-P16 NW_013665688.1: 593421-593488 [-] Ensembl Novel-1 NW_013665688.1: 595096-595157 [-] Ensembl Mir-10-P2p NW_013665688.1: 595479-595542 [-] Ensembl |
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| Seed | CCUCUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCAGAGCCGUUCUGGCCAGUUGUACUUAUUCCUCUACCUUGUGCGGCAGACAGUUGUUUACUUUAUUGUCUGUCCACAGGUCUAGGGGGCAGGGACUGGCUCAACCAGUUGUAAGAAACAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUCAGAGCCGUUCUGGC------| GUA AU C- C GUUGUU CAGUU CUU UCCUCUA CUUGUG GGCAGACA U GUCAG GGA GGGGGAU GGACAC CUGUCUGU A GACAAAGAAUGUUGACCAACUCG^ --- C- CU - UAUUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lpo-Novel-1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCUCUACCUUGUGCGGCAGACA -23
Get sequence
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| Star sequence | Lpo-Novel-1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCUGUCCACAGGUCUAGGGGGCA -62
Get sequence
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