| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-190 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | lgi-mir-190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lgi-Mir-190-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-190 Aga-Mir-190 Agr-Mir-190 Asu-Mir-190 Bfl-Mir-190 Bge-Mir-190 Bko-Mir-190 Bla-Mir-190 Bpl-Mir-190 Cbr-Mir-190 Cel-Mir-190 Cte-Mir-190 Dan-Mir-190 Dlo-Mir-190 Dma-Mir-190 Dme-Mir-190 Dmo-Mir-190 Dpu-Mir-190 Dsi-Mir-190 Dya-Mir-190 Eba-Mir-190 Egr-Mir-190 Esc-Mir-190 Gpa-Mir-190 Gsa-Mir-190 Hme-Mir-190 Hmi-Mir-190 Hru-Mir-190 Isc-Mir-190 Mgi-Mir-190 Mom-Mir-190 Npo-Mir-190 Obi-Mir-190 Ofu-Mir-190 Ovu-Mir-190 Pau-Mir-190 Pca-Mir-190 Pdu-Mir-190 Pfl-Mir-190 Pmi-Mir-190 Pve-Mir-190 Rph-Mir-190 Sko-Mir-190 Sma-Mir-190 Snu-Mir-190 Tca-Mir-190 Tur-Mir-190 War-Mir-190 Xbo-Mir-190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_47: 52952-53012 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-190-v2) |
Mir-92-o31
LOTGIsca_47: 43039-43096 [-]
Ensembl
Mir-92-o30 LOTGIsca_47: 43249-43304 [-] Ensembl Mir-92-o29-v1 LOTGIsca_47: 43373-43430 [-] Ensembl Mir-92-o29-v2 LOTGIsca_47: 43373-43430 [-] Ensembl Mir-92-o28 LOTGIsca_47: 46552-46607 [-] Ensembl Mir-190-v1 LOTGIsca_47: 52951-53013 [-] Ensembl Mir-190-v2 LOTGIsca_47: 52952-53012 [-] Ensembl |
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| Variant | Lgi-Mir-190-v2 |
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| Seed | AUAUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGUUUGAAGAGUUUGCUGAUCUCUGUUAGAUAUGUUUGAUAUAAUUGGUGGUUAAUGGUUAAAAGUCCACCAAGUAUCAAACAUGUCACUACAGAGGUCUGUCCUUUCACCUACCAAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUGUUUGAAGAGUUUGCU- UA-| AA UUAAUGG GAUCUCUGU GAUAUGUUUGAUAU UUGGUGG \ CUGGAGACA CUGUACAAACUAUG AACCACC U CAAACCAUCCACUUUCCUGU UCA^ -- UGAAAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lgi-Mir-190-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009586 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAUAUGUUUGAUAUAAUUGGUGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Lgi-Mir-190-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCAAGUAUCAAACAUGUCAC -61
Get sequence
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| Variant | Lgi-Mir-190-v1 |
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| Seed | GAUAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAUGUUUGAAGAGUUUGCUGAUCUCUGUUAGAUAUGUUUGAUAUAAUUGGUGGUUAAUGGUUAAAAGUCCACCAAGUAUCAAACAUGUCACUACAGAGGUCUGUCCUUUCACCUACCAAACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAUGUUUGAAGAGUUU- U UA-| AA UUAAUGG GC GAUCUCUGU GAUAUGUUUGAUAU UUGGUGG \ UG CUGGAGACA CUGUACAAACUAUG AACCACC U CCAAACCAUCCACUUUCC U UCA^ -- UGAAAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lgi-Mir-190-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009586 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAUAUGUUUGAUAUAAUUGGUGG -24
Get sequence
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| Star sequence | Lgi-Mir-190-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACCAAGUAUCAAACAUGUCACU -63
Get sequence
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