| MirGeneDB ID | Laf-Mir-670 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-670 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-670 Cja-Mir-670 Cpo-Mir-670 Dno-Mir-670 Eca-Mir-670 Hsa-Mir-670 Mml-Mir-670 Mmr-Mir-670 Mmu-Mir-670 Ocu-Mir-670 Pab-Mir-670 Rno-Mir-670 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010048.1: 6092027-6092090 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-670) |
Mir-129-P1
GL010048.1: 6057388-6057451 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-670 GL010048.1: 6092027-6092090 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UUCCUCA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCCACGUGCAGUUCAGGGGUGGGUCUGACGUCCCUGAGUGUAUGCGGUGAACCUGAAUUUGCCUUGGGUUUCCUCAUACUCAUUCAGGAGUGUCAGUUCCCCCUUCACUCGUCGUUGGAGAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCCACGUGCAGUUCAG--- U GU UC --| C U UGAAUU GGG GG CUGACG CCUGAGU GUAUG GG GAACC \ CCC CC GACUGU GGACUUA CAUAC CC UUUGG U CGAGAGGUUGCUGCUCACUU - UU GA CU^ U - GUUCCG 120 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-670_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUCCCUGAGUGUAUGCGGUGAACC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-670_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUUCCUCAUACUCAUUCAGGAGUGU -64
Get sequence
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