MirGeneDB ID | Cpo-Mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-670 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUCCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-670 Dno-Mir-670 Hsa-Mir-670 Mml-Mir-670 Mmu-Mir-670 Ocu-Mir-670 Rno-Mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_72: 3601388-3601451 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-670) |
Mir-670
scaffold_72: 3601388-3601451 [+]
UCSC
Mir-129-P1 scaffold_72: 3626366-3626428 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCACAUCCAGUUUUAGGGGUGGAUCUGGUGUCCCUGAGUGUAUGUGGUGAACCUGAAUUUGCCUUGGGUUUCCUCAUACUCAUUCAGGAGUGUCAGUCGCCCCUGCACACGACGUUGGAAAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCACAUCCAGUUUUAG----| AU GU UC UA - UG UGAAUU GGGUGG CUG G CCUGAGUG UGUG G AACC \ CCCGCU GAC U GGACUUAC AUAC C UUGG U CGAAAGGUUGCAGCACACGUC^ -- UG GA UC U CU GUUCCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-670_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047367 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUCCCUGAGUGUAUGUGGUGAACC -24
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-670_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UUUCCUCAUACUCAUUCAGGAGUGU -64
Get sequence
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