| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-670 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-670 Cja-Mir-670 Dno-Mir-670 Eca-Mir-670 Hsa-Mir-670 Laf-Mir-670 Mml-Mir-670 Mmr-Mir-670 Mmu-Mir-670 Ocu-Mir-670 Pab-Mir-670 Rno-Mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_72: 3601388-3601451 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-670) |
Mir-670
scaffold_72: 3601388-3601451 [+]
UCSC
Mir-129-P1 scaffold_72: 3626366-3626428 [+] UCSC |
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| Seed | UUCCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCACAUCCAGUUUUAGGGGUGGAUCUGGUGUCCCUGAGUGUAUGUGGUGAACCUGAAUUUGCCUUGGGUUUCCUCAUACUCAUUCAGGAGUGUCAGUCGCCCCUGCACACGACGUUGGAAAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCACAUCCAGUUUUAG----| AU GU UC UA - UG UGAAUU GGGUGG CUG G CCUGAGUG UGUG G AACC \ CCCGCU GAC U GGACUUAC AUAC C UUGG U CGAAAGGUUGCAGCACACGUC^ -- UG GA UC U CU GUUCCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-670_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047367 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUCCCUGAGUGUAUGUGGUGAACC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-670_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUUCCUCAUACUCAUUCAGGAGUGU -64
Get sequence
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