MirGeneDB ID | Bta-Mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-670 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-670 Cpo-Mir-670 Dno-Mir-670 Eca-Mir-670 Hsa-Mir-670 Laf-Mir-670 Mml-Mir-670 Mmr-Mir-670 Mmu-Mir-670 Ocu-Mir-670 Pab-Mir-670 Rno-Mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037342.1: 73648237-73648300 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-670) |
Mir-670
NC_037342.1: 73648237-73648300 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-129-P1 NC_037342.1: 73674115-73674178 [+] UCSC Ensembl |
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Seed | UUCCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACCACUUCUGGUUUAGGGGUGGAUCUGACGUCCCUGAGUAUAUGUGGUGAACCGGAAUUUGCCUGGGGUUUCCUCAUAUUCAUUCAGGAGUGUCAGUUCUCCCUGCGCACGACGUUGGAGACCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UACCACUUCUGGUUUAG--- U U UC --| U U GGAAUU GGG GGA CUGACG CCUGAGU AUAUG GG GAACC \ CCC CUU GACUGU GGACUUA UAUAC CC UUUGG U CCAGAGGUUGCAGCACGCGU U - GA CU^ U - GGUCCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bta-Mir-670_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0009364 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUCCCUGAGUAUAUGUGGUGAACC -24
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-670 |
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Mature sequence | Bta-Mir-670_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UUUCCUCAUAUUCAUUCAGGAGUGU -64
Get sequence
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