| MirGeneDB ID | Laf-Mir-154-P20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-154 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-154-P1 Laf-Mir-154-P2 Laf-Mir-154-P3 Laf-Mir-154-P4 Laf-Mir-154-P5 Laf-Mir-154-P6a Laf-Mir-154-P6b Laf-Mir-154-P6c Laf-Mir-154-P7 Laf-Mir-154-P8 Laf-Mir-154-P9 Laf-Mir-154-P10 Laf-Mir-154-P11 Laf-Mir-154-P12 Laf-Mir-154-P15 Laf-Mir-154-P16 Laf-Mir-154-P17 Laf-Mir-154-P18 Laf-Mir-154-P19 Laf-Mir-154-P21 Laf-Mir-154-P22 Laf-Mir-154-P23 Laf-Mir-154-P24 Laf-Mir-154-P25 Laf-Mir-154-P26 Laf-Mir-154-P27 Laf-Mir-154-P28 Laf-Mir-154-P29 Laf-Mir-154-P30 Laf-Mir-154-P31 Laf-Mir-154-P32 Laf-Mir-154-P33 Laf-Mir-154-P34 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-154-P20 Cja-Mir-154-P20 Cpo-Mir-154-P20 Dno-Mir-154-P20 Eca-Mir-154-P20 Ete-Mir-154-P20 Hsa-Mir-154-P20 Mml-Mir-154-P20 Mmr-Mir-154-P20 Ocu-Mir-154-P20 Pab-Mir-154-P20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010036.1: 75536489-75536547 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P20) |
Mir-154-P34
GL010036.1: 75515670-75515725 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P6c GL010036.1: 75515924-75515978 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P33 GL010036.1: 75516442-75516497 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P32 GL010036.1: 75516745-75516800 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P31 GL010036.1: 75516896-75516950 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P30 GL010036.1: 75517046-75517099 [-] UCSC Ensembl Mir-541 GL010036.1: 75517877-75517942 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P29 GL010036.1: 75519883-75519942 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P28 GL010036.1: 75521503-75521556 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P27 GL010036.1: 75522076-75522136 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P26 GL010036.1: 75522398-75522455 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P6b GL010036.1: 75526418-75526474 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P25 GL010036.1: 75527246-75527302 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P24 GL010036.1: 75528356-75528413 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P23 GL010036.1: 75531976-75532033 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P22 GL010036.1: 75532426-75532479 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P21 GL010036.1: 75534811-75534870 [-] UCSC Ensembl Mir-544 GL010036.1: 75535725-75535783 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P20 GL010036.1: 75536489-75536547 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P19 GL010036.1: 75537069-75537132 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P18 GL010036.1: 75537837-75537894 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P17 GL010036.1: 75538378-75538440 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P16 GL010036.1: 75541362-75541421 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P15 GL010036.1: 75542647-75542709 [-] UCSC Ensembl Mir-376-P5 GL010036.1: 75543242-75543299 [-] UCSC Ensembl Mir-376-P4 GL010036.1: 75543582-75543639 [-] UCSC Ensembl Mir-376-P3 GL010036.1: 75543962-75544019 [-] UCSC Ensembl Mir-376-P2 GL010036.1: 75544329-75544386 [-] UCSC Ensembl Mir-376-P1 GL010036.1: 75544697-75544754 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P12 GL010036.1: 75550220-75550277 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P11 GL010036.1: 75552026-75552083 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P10 GL010036.1: 75553932-75553988 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P9 GL010036.1: 75554345-75554400 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P8 GL010036.1: 75557501-75557560 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P7 GL010036.1: 75558250-75558307 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P6a GL010036.1: 75558547-75558602 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P5 GL010036.1: 75558709-75558763 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P4 GL010036.1: 75559248-75559304 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P3 GL010036.1: 75560482-75560536 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P2 GL010036.1: 75560939-75560994 [-] UCSC Ensembl Mir-154-P1 GL010036.1: 75562213-75562271 [-] UCSC Ensembl |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAUAUC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGAUGGUGCGAUUCUUUGGUGCUUAAAGAAUGGCUGUCCGUACUAUGGUCUCUAUAUUUAUGAUGAUUAAUAUCGGACAACCAUUGUUUUAGUAUCCAAAUUGGCUUCAGUUUCUCAGet precursor sequence |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCUGAUGGUGCGAUUCU- -| U G C UACUA UCUAUA UUGG UGCU AAA AAUGG UGUCCG UGGUC U AACC AUGA UUU UUACC ACAGGC AUUAG U ACUCUUUGACUUCGGUUA U^ U G A UAUA- UAGUAU 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Laf-Mir-154-P20_5p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUGGCUGUCCGUACUAUGGUCU -23
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Laf-Mir-154-P20_3p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUAAUAUCGGACAACCAUUGU -59
Get sequence
|
