| MirGeneDB ID | Cja-Mir-154-P20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-154 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-154-P1 Cja-Mir-154-P2 Cja-Mir-154-P3 Cja-Mir-154-P4 Cja-Mir-154-P5 Cja-Mir-154-P6a Cja-Mir-154-P6b Cja-Mir-154-P7 Cja-Mir-154-P8a Cja-Mir-154-P9 Cja-Mir-154-P10 Cja-Mir-154-P11 Cja-Mir-154-P12 Cja-Mir-154-P14 Cja-Mir-154-P16a Cja-Mir-154-P16b Cja-Mir-154-P17 Cja-Mir-154-P18 Cja-Mir-154-P19 Cja-Mir-154-P21 Cja-Mir-154-P22 Cja-Mir-154-P23 Cja-Mir-154-P24 Cja-Mir-154-P25 Cja-Mir-154-P26 Cja-Mir-154-P28 Cja-Mir-154-P29 Cja-Mir-154-P30 Cja-Mir-154-P31 Cja-Mir-154-P32 Cja-Mir-154-P33 Cja-Mir-154-P34 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-154-P20 Cpo-Mir-154-P20 Dno-Mir-154-P20 Eca-Mir-154-P20 Ete-Mir-154-P20 Hsa-Mir-154-P20 Laf-Mir-154-P20 Mml-Mir-154-P20 Mmr-Mir-154-P20 Ocu-Mir-154-P20 Pab-Mir-154-P20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021924.1: 131862337-131862395 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P20) |
Mir-154-P1
CM021924.1: 131834922-131834980 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2 CM021924.1: 131836182-131836237 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3 CM021924.1: 131836643-131836697 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4 CM021924.1: 131837844-131837900 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 CM021924.1: 131838404-131838459 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a CM021924.1: 131838566-131838621 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P7 CM021924.1: 131838833-131838890 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8a CM021924.1: 131839579-131839638 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 CM021924.1: 131842383-131842438 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 CM021924.1: 131842799-131842855 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P11 CM021924.1: 131846833-131846890 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 CM021924.1: 131848844-131848901 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P1 CM021924.1: 131853631-131853688 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 CM021924.1: 131853973-131854030 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P3 CM021924.1: 131854407-131854464 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P14 CM021924.1: 131854560-131854615 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 CM021924.1: 131854787-131854844 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P5 CM021924.1: 131855098-131855155 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16a CM021924.1: 131857425-131857482 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16b CM021924.1: 131858660-131858717 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 CM021924.1: 131860356-131860418 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 CM021924.1: 131860896-131860953 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 CM021924.1: 131861757-131861820 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20 CM021924.1: 131862337-131862395 [+] UCSC Ensembl Mir-544 CM021924.1: 131863091-131863148 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 CM021924.1: 131863995-131864054 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 CM021924.1: 131866453-131866506 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 CM021924.1: 131866878-131866935 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 CM021924.1: 131868718-131868774 [+] UCSC Ensembl Mir-134 CM021924.1: 131869096-131869156 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 CM021924.1: 131869829-131869887 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6b CM021924.1: 131870624-131870680 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 CM021924.1: 131874498-131874555 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28 CM021924.1: 131875373-131875426 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29 CM021924.1: 131876823-131876882 [+] UCSC Ensembl Mir-541 CM021924.1: 131879396-131879461 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 CM021924.1: 131880204-131880257 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P31 CM021924.1: 131880354-131880408 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P32 CM021924.1: 131880494-131880549 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 CM021924.1: 131880804-131880860 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P34 CM021924.1: 131881592-131881647 [+] UCSC Ensembl |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAUAUC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUGAAGGCGCUGUUCUUUGGUGCUUAAAGAAUGGCUGUCCGUGGUAUGGUCUCUCUAUUUAUGAUGAUUAAUAUCGGACAACCAUUGUUUUAGUAUCCAAAUUUGCUUCAGAAAUUUUGet precursor sequence |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUUGAAGGCGCUGUUCU- -| U G C UGGUA UCUCUA UUGG UGCU AAA AAUGG UGUCCG UGGUC U AACC AUGA UUU UUACC ACAGGC AUUAG U UUUUAAAGACUUCGUUUA U^ U G A UAUA- UAGUAU 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cja-Mir-154-P20_5p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUGGCUGUCCGUGGUAUGGUC -22
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cja-Mir-154-P20_3p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUAAUAUCGGACAACCAUUGU -59
Get sequence
|
