| MirGeneDB ID | Laf-Mir-1307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1307 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-1307-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1307 Cfa-Mir-1307 Cja-Mir-1307 Dno-Mir-1307 Eca-Mir-1307 Hsa-Mir-1307 Mml-Mir-1307 Ocu-Mir-1307 Pab-Mir-1307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010037.1: 15056756-15056817 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1307-v2) |
Mir-1307-v1
GL010037.1: 15056756-15056817 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1307-v2 GL010037.1: 15056756-15056817 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Laf-Mir-1307-v2 |
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| Seed | UCGGCGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCUGAAUCACUGCCACUGCCUGCCGACCUCGACCGGACCUCGACCGGCUCGUCUAUGUUGCCAAUCGACUCGGCGUGGCGUCGGUCGUGGUAGAUAGGCGGUCAUACAUUCGAAUUUUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGCUGAAUCACUGCCA-- CCG U A-| U A GC GUCUAUG CUGCCUG ACC CGACCGG CC CG CCG UC U GGCGGAU UGG GCUGGCU GG GC GGC AG U UCUUUUAAGCUUACAUACU AGA U GC^ U - UC CUAACCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-1307-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGACCGGACCUCGACCGGCUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-1307-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUCGGCGUGGCGUCGGUCGUGG -62
Get sequence
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| Variant | Laf-Mir-1307-v1 |
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| Seed | CUCGGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCUGAAUCACUGCCACUGCCUGCCGACCUCGACCGGACCUCGACCGGCUCGUCUAUGUUGCCAAUCGACUCGGCGUGGCGUCGGUCGUGGUAGAUAGGCGGUCAUACAUUCGAAUUUUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGCUGAAUCACUGCCA-- CCG U A-| U A GC UCUAUG CUGCCUG ACC CGACCGG CC CG CCG UCG U GGCGGAU UGG GCUGGCU GG GC GGC AGC U UCUUUUAAGCUUACAUACU AGA U GC^ U - UC UAACCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-1307-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGACCGGACCUCGACCGGCUCG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-1307-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACUCGGCGUGGCGUCGGUCGUGG -62
Get sequence
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