| MirGeneDB ID | Hme-Novel-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | HME-NOVEL-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE671335: 621504-621559 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-3) |
Novel-2
HE671335: 621364-621419 [+]
Ensembl
Novel-3 HE671335: 621504-621559 [-] Ensembl |
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| Seed | GCGGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCUAAAAAGAAGGUAUUGAAAAUGUAUGAAAUUGCUCGGUUUCUCCGCUUUAGUCAUAACUACAGCGGAGAAACUGAGCAAUUCCACAAGCCCGAAUUCACUUCAUGCACCUUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUCUAAAAAGAAGGUAUUGAAAAUGUA--| A UUAGUC UG AAUUGCUCGGUUUCUCCGCU A AC UUAACGAGUCAAAGAGGCGA U CGUUCCACGUACUUCACUUAAGCCCGAAC^ C CAUCAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hme-Novel-3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUUGCUCGGUUUCUCCGCUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Hme-Novel-3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- AGCGGAGAAACUGAGCAAUUCC -56
Get sequence
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