| MirGeneDB ID | Gja-Mir-142-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gja-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-142-P4-v1 Ami-Mir-142-P4-v1 Cpi-Mir-142-P4-v1 Dre-Mir-142-P4-v1 Gmo-Mir-142-P4-v1 Lch-Mir-142-P4 Mal-Mir-142-P4-v1 Mun-Mir-142-P4 Pbv-Mir-142-P4-v1 Tni-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015172599.1: 181697-181757 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P4-v3) |
Mir-142-P4-v4
NW_015172599.1: 181695-181759 [-]
Mir-142-P4-v1 NW_015172599.1: 181697-181757 [-] Mir-142-P4-v2 NW_015172599.1: 181697-181757 [-] Mir-142-P4-v3 NW_015172599.1: 181697-181757 [-] |
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| Variant | Gja-Mir-142-P4-v3 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGCUGUACUUAAGGACAGUGGACUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACGCUCGUGUCCAAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGAGCAACGGAGGCGACGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAGCUGUACUUAAGGA--| G A UAAACGCUC CAGUG ACUCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAU UGAGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG G AGCAGCGGAGGCAACGAGU^ G C UGAACCUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gja-Mir-142-P4-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUAA -23
Get sequence
|
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| Mature sequence | Gja-Mir-142-P4-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -61
Get sequence
|
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| Variant | Gja-Mir-142-P4-v1 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGCUGUACUUAAGGACAGUGGACUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACGCUCGUGUCCAAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGAGCAACGGAGGCGACGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAGCUGUACUUAAGGA--| G A UAAACGCUC CAGUG ACUCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAU UGAGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG G AGCAGCGGAGGCAACGAGU^ G C UGAACCUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gja-Mir-142-P4-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
|
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| Star sequence | Gja-Mir-142-P4-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -61
Get sequence
|
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| Variant | Gja-Mir-142-P4-v2 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGCUGUACUUAAGGACAGUGGACUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACGCUCGUGUCCAAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGAGCAACGGAGGCGACGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCAGCUGUACUUAAGGA--| G A UAAACGCUC CAGUG ACUCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAU UGAGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG G AGCAGCGGAGGCAACGAGU^ G C UGAACCUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gja-Mir-142-P4-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUA -22
Get sequence
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| Star sequence | Gja-Mir-142-P4-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -61
Get sequence
|
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| Variant | Gja-Mir-142-P4-v4 |
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| Seed | CCAUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGCAGCUGUACUUAAGGACAGUGGACUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACGCUCGUGUCCAAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGAGCAACGGAGGCGACGAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGGCAGCUGUACUUAAGG--| G A UAAACGCUC ACAGUG ACUCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ UGUCAU UGAGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG G GUAGCAGCGGAGGCAACGAG^ G C UGAACCUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gja-Mir-142-P4-v4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCAUAAAGUAGAAAGCACUAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Gja-Mir-142-P4-v4_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- AGUGUUUCCUACUUUAUGGAUG -65
Get sequence
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