MirGeneDB ID | Efe-Mir-1997-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1997 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common brandling worm (Eisenia fetida) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Efe-Mir-1997-P1 Efe-Mir-1997-P3 Efe-Mir-1997-P4 Efe-Mir-1997-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cte-Mir-1997 Dgr-Mir-1997 Pdu-Mir-1997 Snu-Mir-1997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. fetida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Efe_combined) |
Efet.01.386486: 2534-2595 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCCCACUGCUUAUUUGAGUGCUUGGCUGUUGGACUGAUGGUCCUUGCAUAGUGUUGGCUGAAUCAACUCUGCAGGUUCACAUCAGCCCUAUAGCCGGCACCAGUCUACAGGACGAGGAGUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUCCCACUGCUUAUUUGA---| U U A GUC- U GUUGGC GUGCU GGCUGU GG CUGAUG CUUGCA AGU \ CACGG CCGAUA CC GACUAC GGACGU UCA U CUGAGGAGCAGGACAUCUGAC^ - U C ACUU C ACUAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Efe-Mir-1997-P2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGACUGAUGGUCCUUGCAUAGU -23
Get sequence
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Mature sequence | Efe-Mir-1997-P2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCUGCAGGUUCACAUCAGCCCUAU -62
Get sequence
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