MirGeneDB ID | Eca-Mir-149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-149 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-149 Cfa-Mir-149 Cja-Mir-149 Cpo-Mir-149 Dno-Mir-149 Ete-Mir-149 Hsa-Mir-149 Laf-Mir-149 Mml-Mir-149 Mmr-Mir-149 Mmu-Mir-149 Ocu-Mir-149 Pab-Mir-149 Rno-Mir-149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009153.1: 25920892-25920953 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUGGCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCCCGGAGCCUCAGGCCGGCGCCCAGGCUCUGGCUCCGUGUCUUCACUCCCGUGUGUGUCCGAGGAGGGAGGGAGGGACGGGGGCUGUGCUGGGGCUGCCGGAACAGCGCAGGUCACCGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGCCCGGAGCCUCAGG- -| A UCU - G A GUGUGUG CCGGC GCCC GGC GGCUCC GU UCUUC CUCCC \ GGCCG CGGG UCG UCGGGG CA GGAGG GAGGG U GGCCACUGGACGCGACAA U^ G UG- G G - AGGAGCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-149_5p |
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mirBase accession | MIMAT0012973 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUGGCUCCGUGUCUUCACUCCC -23
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-149_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- GAGGGAGGGACGGGGGCUGUGC -62
Get sequence
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