| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-149 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-149 Cfa-Mir-149 Cja-Mir-149 Dno-Mir-149 Eca-Mir-149 Ete-Mir-149 Hsa-Mir-149 Laf-Mir-149 Mml-Mir-149 Mmr-Mir-149 Mmu-Mir-149 Ocu-Mir-149 Pab-Mir-149 Rno-Mir-149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_13: 23532947-23533008 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUGGCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGCCCGGUCCUCGGGCCGGUGCCCGGGCUCUGGCUCCGUGUCUUCACUCCCGUGUCUGUCCGAGGAGGGAGGGAGGGACGGGGGCUGUGCUGGGGCAGCCGGAAAGGCACAGGUCACCGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGCCCGGUCCUCGGG- -| G UCU - G A GUGUCUG CCGG UGCCC GGC GGCUCC GU UCUUC CUCCC \ GGCC ACGGG UCG UCGGGG CA GGAGG GAGGG U GGCCACUGGACACGGAAA G^ G UG- G G - AGGAGCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-149_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUGGCUCCGUGUCUUCACUCCC -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-149_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GAGGGAGGGACGGGGGCUGUGC -62
Get sequence
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