| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-17-P4e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-17-P1e Ebu-Mir-17-P2e Ebu-Mir-17-P3e Ebu-Mir-17-P3f-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010694.1: 1553249-1553308 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4e) |
Mir-17-P1e
FYBX02010694.1: 1552137-1552201 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2e FYBX02010694.1: 1552447-1552509 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P3e FYBX02010694.1: 1552582-1552644 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4e FYBX02010694.1: 1553249-1553308 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2e FYBX02010694.1: 1553451-1553512 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1e FYBX02010694.1: 1553862-1553920 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2e FYBX02010694.1: 1554002-1554063 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUCUGUCCUACUGUGUAUUCUCGCAGUACCAAAGUGCUUGUAGUGCAGGUAGCAGUUUAAAAAGCUACUGCAAUACCAGCACUUUUAGUAUUGUGAGGGGAAUAAGUUCCUGCACGUUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUUCUGUCCUACUGUGUA-- C-| U G G CAGUU UUCUCGCAGUAC AAAGUGCU GUA UGCAG UAG U GGGAGUGUUAUG UUUCACGA CAU ACGUC AUC A UUUGCACGUCCUUGAAUAAG AU^ C A - GAAAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ebu-Mir-17-P4e_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUUGUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ebu-Mir-17-P4e_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACUGCAAUACCAGCACUUUUAGU -60
Get sequence
|
