| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-17-P3f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-17-P1e Ebu-Mir-17-P2e Ebu-Mir-17-P3e Ebu-Mir-17-P4e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010282.1: 2016432-2016490 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P3f-v1) |
Mir-17-P3f-v1
FYBX02010282.1: 2016432-2016490 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P3f-v2 FYBX02010282.1: 2016433-2016489 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1f FYBX02010282.1: 2022285-2022345 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Ebu-Mir-17-P3f-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGAGUCGUACCACAUCGAGGACCAGGGGAAAAGUGCAAACAGUGAUAGGUGCUGCUUUAAUGUUACCUUCUCUGUUUGCACUUACCUUCUUGUCUUCCACGAUCUGCGAUUUAUGUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUGGAGUCGUACCACAUC--| C AA U U GCUGCU GAGGAC AGGGG AAGUGCAAACAG GA AGGU U CUUCUG UCUUC UUCACGUUUGUC CU UCCA U CUGUAUUUAGCGUCUAGCAC^ U CA U - UUGUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ebu-Mir-17-P3f-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAAGUGCAAACAGUGAUAGGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ebu-Mir-17-P3f-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUUCUCUGUUUGCACUUACCU -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Ebu-Mir-17-P3f-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGAGUCGUACCACAUCGAGGACCAGGGGAAAAGUGCAAACAGUGAUAGGUGCUGCUUUAAUGUUACCUUCUCUGUUUGCACUUACCUUCUUGUCUUCCACGAUCUGCGAUUUAUGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGGAGUCGUACCACAUC--| C AA U U GCUGCU GAGGAC AGGGG AAGUGCAAACAG GA AGGU U CUUCUG UCUUC UUCACGUUUGUC CU UCCA U UGUAUUUAGCGUCUAGCAC^ U CA U - UUGUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ebu-Mir-17-P3f-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAGUGCAAACAGUGAUAGGU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ebu-Mir-17-P3f-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CUUCUCUGUUUGCACUUACC -57
Get sequence
|
