| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-17-P2e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-17-P1e Ebu-Mir-17-P3e Ebu-Mir-17-P3f-v1 Ebu-Mir-17-P4e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010694.1: 1552447-1552509 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2e) |
Mir-17-P1e
FYBX02010694.1: 1552137-1552201 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2e FYBX02010694.1: 1552447-1552509 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P3e FYBX02010694.1: 1552582-1552644 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4e FYBX02010694.1: 1553249-1553308 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2e FYBX02010694.1: 1553451-1553512 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1e FYBX02010694.1: 1553862-1553920 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2e FYBX02010694.1: 1554002-1554063 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCCGCAGAGCUUUCGCGGCUUCCUUGUGUUAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAGUUGCAAAGUCCAUAAUCUACUGCUCUACUUGCUCCUUCCGUCACAAGAAGCCACUGAGCCCAGGAUGGUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCCGCAGAGCUUUCGC- C UU--| U UC U A UUGCAAA GGCUU CUUGUG AAGG GCA UAG GCAG UAG G CCGAA GAACAC UUCC CGU AUC CGUC AUC U CUGGUAGGACCCGAGUCA - UGCC^ U UC U - UAAUACC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ebu-Mir-17-P2e_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ebu-Mir-17-P2e_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACUGCUCUACUUGCUCCUUCCG -63
Get sequence
|
