MirGeneDB ID | Eba-Mir-87-o29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Epimenia (Solenogaster) (Epimenia babai) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-87-o29 Gsp-Mir-87 Mom-Mir-87-o29 Sne-Mir-87 War-Mir-87-o29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Aculifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011762755.2_ASM1176275v2_Epimenia) |
WURV02181321.1: 1231-1289 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUAGUCGAGUCAAUAAAUCUGUGUCUGGCGUGCCUGAAUCUUUGUCUCAAGCCUGUGAUUAUAAAGGUGAGCAAAGUUUCAGGUGUGUUAGAUGCACGUGCCGUCAUCACCGCGGAAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUAGUCGAGUCAAUAA--| C UG U U AA GUGA AU UGUGUCUGGCG CCUGAA CUUUG CUC GCCU U UG ACGUAGAUUGU GGACUU GAAAC GAG UGGA U UAAGGCGCCACUACUGCCG^ C GU U - -- AAUA 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | It is unclear if this is Mir-87-P1 or P2 given that one of the paralogues was lost in this group and there are no sequence signatures to recognize one paralogue from the other. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eba-Mir-87-o29_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCCUGAAUCUUUGUCUCAAGCCU -25
Get sequence
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Mature sequence | Eba-Mir-87-o29_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GUGAGCAAAGUUUCAGGUGUGU -59
Get sequence
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