| MirGeneDB ID | Eba-Mir-2-o92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Epimenia (Solenogaster) (Epimenia babai) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Eba-Mir-2-o90 Eba-Mir-2-o91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. babai | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011762755.2_ASM1176275v2_Epimenia) |
WURV02085510.1: 3976-4035 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o92) |
Mir-2-o90
WURV02085510.1: 1105-1165 [+]
Ensembl
Mir-2-o91 WURV02085510.1: 2691-2749 [+] Ensembl Mir-2-o92 WURV02085510.1: 3976-4035 [+] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGACGUACAACCGUACUAGCUGCCACGGGCGUCAGAGUGGUUUUGAUGUGUUGUUCGAGAUAGUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAUCCGUGGUUUGUCUUGAAACUGCUUCAGAUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCGACGUACAACCGUACUA- U- - -| U UUGUUC GC GCCACGGG CGUCAGAG UGGUU UGAUGUG G UG UGGUGCCU GUAGUUUC ACCGA ACUAUAC A CGUAGACUUCGUCAAAGUUC UU A G^ C UGAUAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Eba-Mir-2-o92_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUCAGAGUGGUUUUGAUGUG -21
Get sequence
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| Mature sequence | Eba-Mir-2-o92_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAUC -60
Get sequence
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