| MirGeneDB ID | Dya-Mir-1001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1001 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dme-Mir-1001 Dsi-Mir-1001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. melanogaster subgroup | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. melanogaster subgroup | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
3R: 23018709-23018769 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGGUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGUAUAGAUGAUGUAAACUGGCCUGUCCCUGGGUAAACUCCCAAUGAUCCGGUGUACAUUGAAUUCGGAUCCUUGGGUUUGAGCCCAAGGACAAGGACAGUAGUGCCCGCGAAGGGCCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGUAUAGAUGAUGUAA-- G -| C AAACU U GUGUAC ACUG CC UGUCC UGGGU CCCAA GAUCCG A UGAC GG ACAGG ACCCG GGGUU CUAGGC U ACCCGGGAAGCGCCCGUGA A A^ A AGUUU C UUAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dya-Mir-1001_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGGUAAACUCCCAAUGAUCCG -22
Get sequence
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| Star sequence | Dya-Mir-1001_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCCUUGGGUUUGAGCCCAAGG -61
Get sequence
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