| MirGeneDB ID | Dme-Mir-1001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1001 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-1001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dsi-Mir-1001 Dya-Mir-1001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. melanogaster subgroup | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. melanogaster subgroup | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3R: 27642480-27642540 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGGUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCCCGCGAUGAUGUAAGCUGGCCUGUCCCUGGGUAAACUCCCAAGGAUCAGGUGGAGAUUGAAUCCCGAUCCUUGGGUUUCUGCUCUCGGGCAAGGUCAGUAGUGCCCGCGAAGGGCCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCCCGCGAUGAUGUAA-- -| CU AACU AGGUGGAG GCUGGCC UGUCC GGGUA CCCAAGGAUC A UGACUGG ACGGG CUCGU GGGUUCCUAG U ACCCGGGAAGCGCCCGUGA A^ CU CUUU CCCUAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +2 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dme-Mir-1001_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0005521 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGGUAAACUCCCAAGGAUCA -21
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005521 TargetScanFly: dme-miR-1001 |
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| Star sequence | Dme-Mir-1001_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020901 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCCUUGGGUUUCUGCUCUCGG -61
Get sequence
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