| MirGeneDB ID | Dre-Mir-727-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-727 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-727-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gmo-Mir-727-P1 Spt-Mir-727 Tni-Mir-727-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr24: 26185425-26185487 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-727-P1-v2) |
Mir-727-P1-v1
chr24: 26185423-26185489 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-727-P1-v2 chr24: 26185425-26185487 [+] UCSC Ensembl Mir-728-P1 chr24: 26190564-26190624 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-727-P1-v2 |
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| Seed | UUGAGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUUUUUCCAGUCACCUGUAUGUCAUUUUCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCCGUACCCAUCGAAACUGUGAGUUGAGGCGAGUUGAAGACUUAAAGUGCUGUACAGAUUCAAGUAUCUGCUCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUUUUUCCAGUCACCU--| U C CU - CCGUACCCAU GUAUG CAUUUU AGUCUUCAAUUC CC CAGC \ CAUGU GUGAAA UCAGAAGUUGAG GG GUUG C GCUCGUCUAUGAACUUAGA^ C U C- A AGUGUCAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-727-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003755 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-727-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003756 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- GUUGAGGCGAGUUGAAGACUUA -63
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-727 |
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| Variant | Dre-Mir-727-P1-v1 |
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| Seed | CAGUCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGGUUUUUCCAGUCACCUGUAUGUCAUUUUCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCCGUACCCAUCGAAACUGUGAGUUGAGGCGAGUUGAAGACUUAAAGUGCUGUACAGAUUCAAGUAUCUGCUCGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGGGUUUUUCCAGUCAC--| U C CU - CCGUACCCAU CUGUAUG CAUUUU AGUCUUCAAUUC CC CAGC \ GACAUGU GUGAAA UCAGAAGUUGAG GG GUUG C CGGCUCGUCUAUGAACUUA^ C U C- A AGUGUCAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-727-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003755 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGC -22
Get sequence
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| Star sequence | Dre-Mir-727-P1-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003756 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- UGAGGCGAGUUGAAGACUUAAA -67
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-727 |
