| MirGeneDB ID | Dre-Mir-142-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-142b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-142-P2-v1 Dre-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-142-P4-v1 Ami-Mir-142-P4-v1 Cpi-Mir-142-P4-v1 Gja-Mir-142-P4-v1 Gmo-Mir-142-P4-v1 Lch-Mir-142-P4 Mal-Mir-142-P4-v1 Mun-Mir-142-P4 Pbv-Mir-142-P4-v1 Tni-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr15: 15383910-15383969 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P4-v2) |
Mir-142-P4-v1
chr15: 15383910-15383969 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P4-v2 chr15: 15383910-15383969 [-] UCSC Ensembl Mir-142-P4-v3 chr15: 15383910-15383969 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-142-P4-v2 |
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| Seed | UAGUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGGAAGGUCAGAGGUACAGUGCAGUCACUCAUAAAGUAGACAGCACUACUAAACUUCUCUACACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGGCGGCGAUGGACAGUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGGGAAGGUCAGAGGUA--| G CU AC UAAACUUC CAGUGCA UCA CAUAAAGUAG AGCACUAC U GUCAUGU AGU GUAUUUCAUC UUGUGAUG C CUGACAGGUAGCGGCGGUU^ G AG CU UGACACAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-142-P4-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0001839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGACAGCACUACUA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-142b-5p |
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| Mature sequence | Dre-Mir-142-P4-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
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| Variant | Dre-Mir-142-P4-v1 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGGAAGGUCAGAGGUACAGUGCAGUCACUCAUAAAGUAGACAGCACUACUAAACUUCUCUACACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGGCGGCGAUGGACAGUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGGGAAGGUCAGAGGUA--| G CU AC UAAACUUC CAGUGCA UCA CAUAAAGUAG AGCACUAC U GUCAUGU AGU GUAUUUCAUC UUGUGAUG C CUGACAGGUAGCGGCGGUU^ G AG CU UGACACAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-142-P4-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGACAGCACUACU -21
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-142b-5p |
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| Star sequence | Dre-Mir-142-P4-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
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| Variant | Dre-Mir-142-P4-v3 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGGAAGGUCAGAGGUACAGUGCAGUCACUCAUAAAGUAGACAGCACUACUAAACUUCUCUACACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGGCGGCGAUGGACAGUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGGGAAGGUCAGAGGUA--| G CU AC UAAACUUC CAGUGCA UCA CAUAAAGUAG AGCACUAC U GUCAUGU AGU GUAUUUCAUC UUGUGAUG C CUGACAGGUAGCGGCGGUU^ G AG CU UGACACAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-142-P4-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0001839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGACAGCACUACUAA -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-142b-5p |
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| Mature sequence | Dre-Mir-142-P4-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
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