| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-956 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-956-v1 Dme-Mir-956-v1 Dsi-Mir-956-v1 Dya-Mir-956-v1 Gpa-Mir-956-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6680: 18620895-18620985 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-956-v1) |
Mir-314
scaffold_6680: 18619774-18619866 [+]
Ensembl
Mir-956-v1 scaffold_6680: 18620895-18620985 [-] Ensembl Mir-956-v2 scaffold_6680: 18620895-18620985 [-] Ensembl |
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| Variant | Dmo-Mir-956-v1 |
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| Seed | UUCGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAUAUGUGCGAAAUUCAACGAUCGUUAUCGUGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGCUAACGGAUGAACAUUAACCAAAGCGCACCUUACGGCGUAGUGUAGUUUCGAGACCACUCUAAUCCAUUGCACCGUUUCUUUCCAUAUGCAAAUUUCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UUAUAUGUGCGAAAUUCAACGAUCGUUAUC ------| A UU AACGGAUGAACAUUAACCAA GUGU UUGGA UGGUCUCG AGCU A CACG AAUCU ACCAGAGC UUGA G ACCUUUAAACGUAUACCUUUCUUUGC---- UUACCU^ C U- UGUGAUGCGGCAUUCCACGC . 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dmo-Mir-956-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGCU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dmo-Mir-956-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
68- UUUCGAGACCACUCUAAUCCAUU -91
Get sequence
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| Variant | Dmo-Mir-956-v2 |
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| Seed | UCGAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAUAUGUGCGAAAUUCAACGAUCGUUAUCGUGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGCUAACGGAUGAACAUUAACCAAAGCGCACCUUACGGCGUAGUGUAGUUUCGAGACCACUCUAAUCCAUUGCACCGUUUCUUUCCAUAUGCAAAUUUCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UUAUAUGUGCGAAAUUCAACGAUCGUUAUC ------| A UU UAACGGAUGAACAUUAACCAA GUGU UUGGA UGGUCUCG AGC A CACG AAUCU ACCAGAGC UUG G ACCUUUAAACGUAUACCUUUCUUUGC---- UUACCU^ C U- AUGUGAUGCGGCAUUCCACGC . 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dmo-Mir-956-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dmo-Mir-956-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
69- UUCGAGACCACUCUAAUCCAUU -91
Get sequence
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