| MirGeneDB ID | Dan-Mir-956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-956 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dme-Mir-956-v1 Dmo-Mir-956-v1 Dsi-Mir-956-v1 Dya-Mir-956-v1 Gpa-Mir-956-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_13337: 6020256-6020365 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-956-v1) |
Mir-314
scaffold_13337: 6019520-6019605 [+]
Ensembl
Mir-956-v1 scaffold_13337: 6020256-6020365 [-] Ensembl Mir-956-v2 scaffold_13337: 6020256-6020365 [-] Ensembl |
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| Variant | Dan-Mir-956-v1 |
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| Seed | UUCGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAUAUGUGCACUUUUCUAGAUCGUUAUCGCGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGCUAACGAAUGGACUAAAAUGCAAUUUGCAAUUCGGCGCCAAUUAUCCAGGCGCCAAAAAGUUUAGUUUCGAGACCACUCUAAUCCAUUGCAUGAUCUUCACUUGUAUGCAAAUUUUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 UUGAUAUGUGCACUUUUCU--| UAUCGCGU A UU AACGAAUGGACUAAAAUGCAAUUUGCAAUU AGAUCGU UUGGA UGGUCUCG AGCU \ UCUAGUA AAUCU ACCAGAGC UUGA C CAUUUUAAACGUAUGUUCACU^ CGUUACCU C U- UUUGAAAAACCGCGGACCUAUUAACCGCGG . 160 150 140 130 120 110 100 90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Mir-956-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGCU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Mir-956-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
87- UUUCGAGACCACUCUAAUCCAUU -110
Get sequence
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| Variant | Dan-Mir-956-v2 |
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| Seed | UCGAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAUAUGUGCACUUUUCUAGAUCGUUAUCGCGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGCUAACGAAUGGACUAAAAUGCAAUUUGCAAUUCGGCGCCAAUUAUCCAGGCGCCAAAAAGUUUAGUUUCGAGACCACUCUAAUCCAUUGCAUGAUCUUCACUUGUAUGCAAAUUUUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 UUGAUAUGUGCACUUUUCU--| UAUCGCGU A UU UAACGAAUGGACUAAAAUGCAAUUUGCAAUU AGAUCGU UUGGA UGGUCUCG AGC \ UCUAGUA AAUCU ACCAGAGC UUG C CAUUUUAAACGUAUGUUCACU^ CGUUACCU C U- AUUUGAAAAACCGCGGACCUAUUAACCGCGG . 160 150 140 130 120 110 100 90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Mir-956-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Mir-956-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
88- UUCGAGACCACUCUAAUCCAUU -110
Get sequence
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