| MirGeneDB ID | Dme-Mir-978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-978 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dme-Mir-978-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dya-Mir-978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
X: 19561252-19561312 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-978-v2) |
Mir-972
X: 19551171-19551226 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-973 X: 19551546-19551611 [+] UCSC Ensembl Mir-974 X: 19551702-19551763 [+] UCSC Ensembl Mir-2499 X: 19557029-19557090 [+] UCSC Ensembl Mir-975 X: 19558768-19558828 [+] UCSC Ensembl Mir-976 X: 19558917-19558975 [+] UCSC Ensembl Mir-977 X: 19559046-19559108 [+] UCSC Ensembl Mir-978-v1 X: 19561251-19561313 [+] UCSC Ensembl Mir-978-v2 X: 19561252-19561312 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dme-Mir-978-v2 |
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| Seed | UGUCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUACAAUAUCUUGGUUGGCGGCACAAUCUGCAAUCUACGCCACUGGCUUACGUUGCAAUCGAAAAUCGUGUCCAGUGCCGUAAAUUGCAGUUGUGUGAACGCAAACGGCAGCAGCGAAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUACAAUAUCUUGGUUG ---| U C C CU UUGCAA GCG GCACAA CUGCAAU UACG CACUGG UACG U CGC UGUGUU GACGUUA AUGC GUGACC GUGC C GGAAGCGACGACGGCAAA AAG^ - A C U- UAAAAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dme-Mir-978-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAAUCUACGCCACUGGCUUACGU -24
Get sequence
|
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| Mature sequence | Dme-Mir-978-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0005494 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGUCCAGUGCCGUAAAUUGCAG -61
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005494 TargetScanFly: dme-miR-978 |
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| Variant | Dme-Mir-978-v1 |
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| Seed | GUCCAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGUACAAUAUCUUGGUUGGCGGCACAAUCUGCAAUCUACGCCACUGGCUUACGUUGCAAUCGAAAAUCGUGUCCAGUGCCGUAAAUUGCAGUUGUGUGAACGCAAACGGCAGCAGCGAAGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGUACAAUAUCUUGGUUG ---| U C C CU UUGCAA GCG GCACAA CUGCAAU UACG CACUGG UACG U CGC UGUGUU GACGUUA AUGC GUGACC GUGC C AGGAAGCGACGACGGCAAA AAG^ - A C U- UAAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dme-Mir-978-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCAAUCUACGCCACUGGCUUACG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dme-Mir-978-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0005494 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGUCCAGUGCCGUAAAUUGCAGU -63
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005494 TargetScanFly: dme-miR-978 |
