| MirGeneDB ID | Cmi-Mir-203-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Australian ghostshark (Callorhinchus milii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cmi-Mir-203-P5-v1 Cmi-Mir-203-P6-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Lch-Mir-203 Spt-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. milii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165045.2_Callorhinchus_milii-6.1.3) |
KI635863.1: 10840677-10840736 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-P6-v2) |
Mir-203-P6-v1
KI635863.1: 10840677-10840736 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-203-P6-v2 KI635863.1: 10840677-10840736 [-] UCSC Ensembl Mir-203-P5-v1 KI635863.1: 10847409-10847468 [-] UCSC Ensembl Mir-203-P5-v2 KI635863.1: 10847409-10847468 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cmi-Mir-203-P6-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUGUAUUGUGUGAAAGUCCUUUGGGUGCAGUGGUUUUCAACAGUUCAACAGUUCUUUAUUAACAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGAUCCAAAGAACAAUUACAUCAAACACACCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAAUGUAUUGUGUGAAA--| C GC C G A GUUCUUU GU CUUUGGGU AGUGGUUUU AACA UUCA CA \ CA GAAACCUA UCACCAGGA UUGU AAGU GU A UCCACACAAACUACAUUAA^ A GU U A - UACAAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cmi-Mir-203-P6-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUUUCAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cmi-Mir-203-P6-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
|
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| Variant | Cmi-Mir-203-P6-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUGUAUUGUGUGAAAGUCCUUUGGGUGCAGUGGUUUUCAACAGUUCAACAGUUCUUUAUUAACAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGAUCCAAAGAACAAUUACAUCAAACACACCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAAUGUAUUGUGUGAAA--| C GC C G A UUCUUU GU CUUUGGGU AGUGGUUUU AACA UUCA CAG \ CA GAAACCUA UCACCAGGA UUGU AAGU GUU A UCCACACAAACUACAUUAA^ A GU U A - ACAAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cmi-Mir-203-P6-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUUUCAACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cmi-Mir-203-P6-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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