MirGeneDB ID | Cja-Mir-675 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-675 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-675 Cpo-Mir-675 Dno-Mir-675 Eca-Mir-675 Hsa-Mir-675 Laf-Mir-675 Mml-Mir-675 Mmr-Mir-675 Mmu-Mir-675 Neu-Mir-675 Pab-Mir-675 Rno-Mir-675 Sha-Mir-675 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021925.1: 126637762-126637818 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUUCCCAUGAGGCACUGCGGCCCAGGGUCUGGUGCGGAGAGGGUCCACAGUGGACUUGGUGACACUGUAUGCCCUCACCGCCCAGCCCCUGGGACUGGCGUGACAGACAGUACAGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CGUUCCCAUGAGGCACUG- -| U U A CC GACU CGG CCCAGGG CUGG GCGG GAGGGU ACAGUG U GUC GGGUCCC GACC CGCC CUCCCG UGUCAC G CGACAUGACAGACAGUGCG A^ C - A UA AGUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-675_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGUGCGGAGAGGGUCCACAGUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-675_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- CUGUAUGCCCUCACCGCCCAGC -57
Get sequence
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