| MirGeneDB ID | Cja-Mir-592 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-592 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-592 Cfa-Mir-592 Cpo-Mir-592 Dno-Mir-592 Eca-Mir-592 Ete-Mir-592 Hsa-Mir-592 Laf-Mir-592 Mml-Mir-592 Mmr-Mir-592 Mmu-Mir-592 Ocu-Mir-592 Pab-Mir-592 Rno-Mir-592 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021922.1: 117213356-117213416 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUGUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUUUAAUUUGAUGCUAUUAUGCCAUGACAUUGUGUCAAUAUGCGAUGAUGUGUUGUGAUGGCACAGCGUCAUCACGUGGUGACGCAACAUCAUGACGUAAGACGUCACAACGCCAGUUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUUUAAUUUGAUGCUA---| C CA A C GUUGUG UUAUG CAUGA UUGUGUCA UAUG GAUGAUGU A AAUGC GUACU AACGCAGU GUGC CUACUGCG U AAUUGACCGCAACACUGCAG^ A AC G A ACACGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Mir-592 was classified in Fromm et al. (2015) as a non-canonical miRNA as the Dicer cut is always +3 but given the conservation of the sequence and that it is clearly processed by Drosha it is accepted here as a bona fide miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-592_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUGUCAAUAUGCGAUGAUGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-592_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCAUCACGUGGUGACGCAACAU -61
Get sequence
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