MirGeneDB ID | Bta-Mir-592 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-592 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-592 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-592 Cja-Mir-592 Cpo-Mir-592 Dno-Mir-592 Eca-Mir-592 Ete-Mir-592 Hsa-Mir-592 Laf-Mir-592 Mml-Mir-592 Mmr-Mir-592 Mmu-Mir-592 Ocu-Mir-592 Pab-Mir-592 Rno-Mir-592 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037331.1: 91320621-91320680 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUUUAAUUUGAUGAUAUUAUGCCAUGACAUUGUGUCAAUAUGCGAUGAUGUGUGUGAUGGCACAGCGUCAUCACGUGGUGACGCAACAUCAUGACGUAAGACGUCACAACGGCCAAUUAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AAUUUAAUUUGAUGAUA---| C CA A C GUGUGA UUAUG CAUGA UUGUGUCA UAUG GAUGAUGU \ AAUGC GUACU AACGCAGU GUGC CUACUGCG U AUUAACCGGCAACACUGCAG^ A AC G A ACACGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Mir-592 was classified in Fromm et al. (2015) as a non-canonical miRNA as the Dicer cut is always +3 but given the conservation of the sequence and that it is clearly processed by Drosha it is accepted here as a bona fide miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bta-Mir-592_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009353 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUGUCAAUAUGCGAUGAUGU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-592 |
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Star sequence | Bta-Mir-592_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCAUCACGUGGUGACGCAACAU -60
Get sequence
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