| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-8908-P1a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-8908 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-8908a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-8908-P1a1 Cfa-Mir-8908-P1b Cfa-Mir-8908-P1c Cfa-Mir-8908-P1d Cfa-Mir-8908-P2 Cfa-Mir-8908-P3 Cfa-Mir-8908-P4a1 Cfa-Mir-8908-P4a2 Cfa-Mir-8908-P4b Cfa-Mir-8908-P4c Cfa-Mir-8908-P5 Cfa-Mir-8908-P6 Cfa-Mir-8908-P7 Cfa-Mir-8908-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. familiaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. familiaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chrX: 114684100-114684159 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8908-P1a2) |
Mir-8908-P3
chrX: 114675836-114675892 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-8908-P5 chrX: 114676848-114676903 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P2 chrX: 114678505-114678561 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P4a2 chrX: 114679976-114680034 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P1c chrX: 114680911-114680970 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P1a2 chrX: 114684100-114684159 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P4b chrX: 114686169-114686227 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P1b chrX: 114687030-114687089 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P4a1 chrX: 114688877-114688935 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P1a1 chrX: 114689813-114689872 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P6 chrX: 114717103-114717160 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUAGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGUCUUCCCGGGUGAUGUGUGCAGUGCUCUGCUGAGGAAGGUGCUCAUUGCAUUCAUUCAUAAGAGUAAUUAGGACCUCCCUGAGCGGAGUAAUGCUCACCUGAAGGACGUCUGCGUUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCGUCUUCCCGGGUGAU--| U G G A G C AUUCAU GUG GCA UGCUCUGCU AGG AGGU CU AUUGC U CAC CGU AUGAGGCGA UCC UCCA GA UAAUG C GUUGCGUCUGCAGGAAGUC^ U A G C G U AGAAUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cfa-Mir-8908-P1a2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0034428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCUGAGGAAGGUGCUCAUUGC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cfa-Mir-8908-P1a2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0034429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAUUAGGACCUCCCUGAGCGGA -60
Get sequence
|
