| MirGeneDB ID | Cel-Mir-358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-358 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-358-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrV: 8580880-8580948 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-358-v1) |
Mir-357
chrV: 8580565-8580627 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-358-v1 chrV: 8580880-8580948 [-] UCSC Ensembl Mir-358-v2 chrV: 8580880-8580948 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cel-Mir-358-v1 |
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| Seed | UUGGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUAUCAAUUCAAACUCGCGACGGCUGGCGACCUGGCCAGGCAUUCCAACUGUCAAACUUACAAAGCUUUCUCGACAAUUGGUAUCCCUGUCAAGGUCUCAAUCCGUUCAGCGAAUUCGUUGUUCUAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUAUCAAUUCAAACUCGC-- C-| C - C C U C UCAAACUUACA GACGG UGG GACCU GGC AGG AU CCAA UG \ UUGCC ACU CUGGA CUG UCC UA GGUU AC A UUAUCUUGUUGCUUAAGCGAC UA^ - A - C U A AGCUCUUUCGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-358-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0015120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUGGCCAGGCAUUCCAACUG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0015120 |
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| Mature sequence | Cel-Mir-358-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000700 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
47- AUUGGUAUCCCUGUCAAGGUCU -69
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000700 TargetScanWorm: cel-miR-358 |
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| Variant | Cel-Mir-358-v2 |
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| Seed | AUUGGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUAUCAAUUCAAACUCGCGACGGCUGGCGACCUGGCCAGGCAUUCCAACUGUCAAACUUACAAAGCUUUCUCGACAAUUGGUAUCCCUGUCAAGGUCUCAAUCCGUUCAGCGAAUUCGUUGUUCUAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUAUCAAUUCAAACUCGC-- C-| C - C C U C CAAACUUACA GACGG UGG GACCU GGC AGG AU CCAA UGU \ UUGCC ACU CUGGA CUG UCC UA GGUU ACA A UUAUCUUGUUGCUUAAGCGAC UA^ - A - C U A GCUCUUUCGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-358-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0015120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUGGCCAGGCAUUCCAACUGU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0015120 |
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| Mature sequence | Cel-Mir-358-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000700 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- AAUUGGUAUCCCUGUCAAGGUCU -69
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000700 TargetScanWorm: cel-miR-358 |
