| MirGeneDB ID | Cbr-Mir-358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-358 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cel-Mir-358-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
V: 1197889-1197957 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-358-v1) |
Mir-358-v1
V: 1197889-1197957 [+]
Ensembl
Mir-358-v2 V: 1197889-1197957 [+] Ensembl Mir-357-P1 V: 1198348-1198413 [+] Ensembl |
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| Variant | Cbr-Mir-358-v1 |
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| Seed | UUGGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCCCAUCCCUUACUCCCCAUUCGGAUUGAUACCCGACUUCCGGAUACCAAAUGUCAUAUCCAACUCGUUUCGUCAAUUGGUAUCCUUAGUCGUGGUCUCAAUCUGUACACGGCGAGAGUGUUGUAUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCCCAUCCCUUACUCCCCAUU- U -| UCC A UCAUAUCCA CGGAUUGA ACC CGACU GGAUACCAA UG A GUCUAACU UGG GCUGA CCUAUGGUU AC C CUUAUGUUGUGAGAGCGGCACAU C U^ UU- A UGCUUUGCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Mir-358-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCGACUUCCGGAUACCAAAUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Mir-358-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- AUUGGUAUCCUUAGUCGUGGUCU -69
Get sequence
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| Variant | Cbr-Mir-358-v2 |
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| Seed | AUUGGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCCCAUCCCUUACUCCCCAUUCGGAUUGAUACCCGACUUCCGGAUACCAAAUGUCAUAUCCAACUCGUUUCGUCAAUUGGUAUCCUUAGUCGUGGUCUCAAUCUGUACACGGCGAGAGUGUUGUAUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCCCAUCCCUUACUCCCCAUU- U -| UCC A UCAUAUCCA CGGAUUGA ACC CGACU GGAUACCAA UG A GUCUAACU UGG GCUGA CCUAUGGUU AC C CUUAUGUUGUGAGAGCGGCACAU C U^ UU- A UGCUUUGCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Mir-358-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCGACUUCCGGAUACCAAAUGU -25
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Mir-358-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- AAUUGGUAUCCUUAGUCGUGGUCU -69
Get sequence
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