MirGeneDB ID | Cbr-Mir-52-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-52 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cbr-mir-52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cel-Mir-52-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (CB4) |
IV: 7363031-7363092 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-52-P1) |
Mir-52-P1
IV: 7363031-7363092 [+]
Ensembl
Mir-10-P2 IV: 7366632-7366691 [+] Ensembl Mir-277-P6a IV: 7400660-7400721 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCUUAUUCUUCUUUCCCGCUCUGACAGUCCACCCGUACAUAUGUUUCCGUGCUUGACAUAGAGCUCAAUCACGAUACAAUGAGCGGGUAGCCGGUCAUCGAGUCGGAACAUUGGUUCCCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCUUAUUCUUCUUUCCC --| AGUCC A A UUC CUUGACAU GCUC UGAC ACCCGU CAU UGU CGUG A UGAG ACUG UGGGCG GUA ACA GCAC G UACCCUUGGUUACAAGGC CU^ GCCGA A - UA- UAACUCGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Although the seed sequence is the same as Mir-10-P2 the remainder of the sequence is distinct enough to warrant the recognition of a distinct family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cbr-Mir-52-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CACCCGUACAUAUGUUUCCGUGCU -24
Get sequence
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Star sequence | Cbr-Mir-52-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CACGAUACAAUGAGCGGGUAGC -62
Get sequence
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