| MirGeneDB ID | Cel-Mir-52-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-52 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-52-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-52-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrIV: 14034024-14034086 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUAUUCAUGUUCUUCCAACUCUAACAGUCCACCCGUACAUAUGUUUCCGUGCUUGACAGCGAAGCUCAAUCACGUUACAAUGAAAGGGUAGCCGGUUAUUGAAGUUGGGUCUUUUUUGGGCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUAUUCAUGUUCUUCCAACUC--| AGUCC GUA A UUC CUUGACAGC UAAC ACCC CAU UGU CGUG \ AUUG UGGG GUA ACA GCAC G GCGGGUUUUUUCUGGGUUGAAGUU^ GCCGA AAA - UU- UAACUCGAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Although the seed sequence is the same as Mir-10-P2 the remainder of the sequence is distinct enough to warrant the recognition of a distinct family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cel-Mir-52-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACCCGUACAUAUGUUUCCGUGCU -24
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000023 TargetScanWorm: cel-miR-52 |
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| Star sequence | Cel-Mir-52-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020311 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CACGUUACAAUGAAAGGGUAGC -63
Get sequence
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