MirGeneDB ID | Bta-Mir-185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-185 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-185 Cja-Mir-185 Cpo-Mir-185 Dno-Mir-185 Eca-Mir-185 Ete-Mir-185 Hsa-Mir-185 Laf-Mir-185 Mml-Mir-185 Mmr-Mir-185 Mmu-Mir-185 Ocu-Mir-185 Pab-Mir-185 Rno-Mir-185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037344.1: 72954606-72954661 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-185) |
Mir-185
NC_037344.1: 72954606-72954661 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1306 NC_037344.1: 72976118-72976178 [+] UCSC Ensembl |
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Seed | GGAGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCAGGCCUCCUGAGUGGGGGGUGAGGGACUGGAGAGAAAGGCAGUUCCUGAUGGUCCCCUCCCCAGGGGCUGGCUUUCCUCCGGCCCCUCCUUCCUGAUGACUGCGUCUGCACCAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AGCAGGCCUCCUGAGUG---| U A A G AUGGUC GGGGG GAGGG CUGGAG GAAAG CAGUUCCUG \ CCUUC CUCCC GGCCUC CUUUC GUCGGGGAC C ACCACGUCUGCGUCAGUAGU^ - C - G CCCUCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bta-Mir-185_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAGAGAAAGGCAGUUCCUGA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-185 |
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Star sequence | Bta-Mir-185_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AGGGGCUGGCUUUCCUCCGGC -56
Get sequence
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