| MirGeneDB ID | Bla-Mir-22-o3c1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bla-Mir-22-o3a1a Bla-Mir-22-o3a1b Bla-Mir-22-o3a1c Bla-Mir-22-o3a1d Bla-Mir-22-o3a2a Bla-Mir-22-o3a2b Bla-Mir-22-o3a3 Bla-Mir-22-o3b1 Bla-Mir-22-o3b2 Bla-Mir-22-o3b3 Bla-Mir-22-o3c2 Bla-Mir-22-P1 Bla-Mir-22-P2a Bla-Mir-22-P2b Bla-Mir-22-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. lanceolatum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000015: 694132-694190 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-22-o3c1) |
Mir-22-P1
Sc0000015: 676729-676786 [+]
Ensembl
Mir-22-o3a1d Sc0000015: 691281-691339 [+] Ensembl Mir-22-o3b1 Sc0000015: 691446-691505 [+] Ensembl Mir-22-o3a1c Sc0000015: 691612-691670 [+] Ensembl Mir-22-o3a1b Sc0000015: 692443-692501 [+] Ensembl Mir-22-o3a2b Sc0000015: 692784-692842 [+] Ensembl Mir-22-o3b2 Sc0000015: 692940-692999 [+] Ensembl Mir-22-o3a3 Sc0000015: 693308-693366 [+] Ensembl Mir-22-o3c1 Sc0000015: 694132-694190 [+] Ensembl Mir-22-o3b3 Sc0000015: 694301-694360 [+] Ensembl Mir-22-o3a2a Sc0000015: 695504-695562 [+] Ensembl Mir-22-o3c2 Sc0000015: 695617-695675 [+] Ensembl Mir-22-o3a1a Sc0000015: 695945-696003 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCUGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAAAAUCCUAUACGGGCCUUGCUAAGCGUUUUUCGUCGCCGGCACAGCUCUGUGACAGUGGAAUCAUAGCUGGCUGGCGAAGAAAAUUCCUUUCAAGGUACUCUCUACAUAAAACCACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAAAAAUCCUAUACGGG---| CU CGU G A C UGACA CCUUG AAG UUUUC UCGCCGGC CAGCU UG G GGAAC UUC AAAAG AGCGGUCG GUCGA AC U CACCAAAAUACAUCUCUCAU^ U- CUU A - U UAAGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bla-Mir-22-o3c1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUUCGUCGCCGGCACAGCUCUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bla-Mir-22-o3c1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAGCUGGCUGGCGAAGAAAAUU -59
Get sequence
|
