| MirGeneDB ID | Bla-Let-7-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bla-Let-7-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aga-Let-7 Agr-Let-7 Bfl-Let-7-P4 Bge-Let-7 Bko-Let-7 Bpl-Let-7 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dlo-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Eba-Let-7 Egr-Let-7 Esc-Let-7 Gpa-Let-7 Gsa-Let-7 Gsp-Let-7 Hme-Let-7 Hmi-Let-7 Hru-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lgi-Let-7 Lhy-Let-7 Llo-Let-7 Mgi-Let-7 Mom-Let-7 Npo-Let-7 Obi-Let-7 Ofu-Let-7 Ovu-Let-7 Pau-Let-7 Pca-Let-7 Pcr-Let-7 Pdu-Let-7 Pfl-Let-7 Ple-Let-7 Pmi-Let-7 Pve-Let-7 Rph-Let-7 Sko-Let-7 Sma-Let-7 Sne-Let-7 Snu-Let-7 Spu-Let-7 Sro-Let-7 Tca-Let-7 Tur-Let-7 War-Let-7 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000265: 98774-98840 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P4) |
Mir-10-P2-v1
Sc0000265: 96702-96758 [+]
Ensembl
Mir-10-P2-v2 Sc0000265: 96703-96757 [+] Ensembl Let-7-P3 Sc0000265: 96979-97045 [+] Ensembl Mir-10-P3 Sc0000265: 98469-98524 [+] Ensembl Let-7-P4 Sc0000265: 98774-98840 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCUGGGACGCCAGACGGGUGCACCUGAGGUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUGAGAAGUACAUCAUUGGAGAUAACUGUGCAACCUGCUAGCUCUCCUUGGGGCAUGCCAGUAGCAGCACACCUUCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCUGGGACGCCAGACG- --| A UG U G GAGAAGUACA GGU GC CC AGG GAG UAGUAGGUUGUAUAGUU \ CCG CG GG UCC CUC AUCGUCCAACGUGUCAA U CCUUCCACACGACGAUGA UA^ - GU U G UAGAGGUUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bla-Let-7-P4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bla-Let-7-P4_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- CUGUGCAACCUGCUAGCUCUCC -67
Get sequence
|
