| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-12489-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-12489-P1 Bfl-Mir-12489-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-12489-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049990.1: 15553768-15553827 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12489-P3) |
Mir-12489-P3
NC_049990.1: 15553768-15553827 [-]
UCSC
Mir-12489-P2 NC_049990.1: 15554360-15554418 [-] UCSC Mir-12489-P1 NC_049990.1: 15555062-15555121 [-] UCSC |
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| Seed | AGUGGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAACUGAAACCAGUAUGGCAUGUGAGAGCUAGUGGUCGGUUGAGGUUCGCUGUAAGAUCCUACAAGGCGAAUCUCUGUCGCCCAUUCGCUUUCUCGUGCCAGUUUCAACACAAACCAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAACUGAAACCAGUAU--| U U U UU GUAAGA GGCAUG GAGAGC AGUGG CGG GAGGUUCGCU U CCGUGC CUUUCG UUACC GCU CUCUAAGCGG C CAACCAAACACAACUUUGA^ U C C GU AACAUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bfl-Mir-12489-P3_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGUGGUCGGUUGAGGUUCGCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Bfl-Mir-12489-P3_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CGAAUCUCUGUCGCCCAUUCGC -60
Get sequence
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