| MirGeneDB ID | Bla-Mir-12489-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bla-Mir-12489-P1a Bla-Mir-12489-P1b Bla-Mir-12489-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-12489-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000011: 5371505-5371564 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12489-P3) |
Mir-12489-P1a
Sc0000011: 5369635-5369693 [+]
Ensembl
Mir-12489-P1b Sc0000011: 5370759-5370817 [+] Ensembl Mir-12489-P2 Sc0000011: 5371193-5371251 [+] Ensembl Mir-12489-P3 Sc0000011: 5371505-5371564 [+] Ensembl |
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| Seed | AGUGGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGACACCUGGGACCAUAUGGCACUGAGAGCUAGUGGUCGGUUGAGGUUCGCUGUAAGAUCCAACAAUGCGAAUCUCUGCCUCCCAUUUGCUUUCUCAUGCCACACUCAUCACAAAAAGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGACACCUGGGACCAUA- CU-| U UC U UGUAAGA UGGCA GAGAGC AGUGG GGU GAGGUUCGC U ACCGU CUUUCG UUACC CCG CUCUAAGCG C ACGAAAAACACUACUCAC ACU^ U CU U UAACAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bla-Mir-12489-P3_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGUGGUCGGUUGAGGUUCGCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Bla-Mir-12489-P3_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CGAAUCUCUGCCUCCCAUUUGC -60
Get sequence
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