| MirGeneDB ID | Bla-Mir-12489-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bla-Mir-12489-P1a Bla-Mir-12489-P2 Bla-Mir-12489-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-12489-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. lanceolatum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000011: 5370759-5370817 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12489-P1b) |
Mir-12489-P1a
Sc0000011: 5369635-5369693 [+]
Ensembl
Mir-12489-P1b Sc0000011: 5370759-5370817 [+] Ensembl Mir-12489-P2 Sc0000011: 5371193-5371251 [+] Ensembl Mir-12489-P3 Sc0000011: 5371505-5371564 [+] Ensembl |
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| Seed | GAGCCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGGGAGUCCCUUUUCUCUGCCUCUGGGCUCAGUGGUCGGUUGAGACUCGCGUGUUUUGUGACAUCACGAGCCUCGACUCACCACUGCUCCCUGCGGUGGGCAGAACGACUGGAUCCACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCGGGAGUCCCUUUUCU--|UG UCU CU C A CGUGUUUU C CC GGG CAGUGGU GGUUGAG CUCG \ G GG CCC GUCACCA UCAGCUC GAGC G CACCUAGGUCAGCAAGACG^GU CGU UC C C ACUACAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bla-Mir-12489-P1b_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUCGGUUGAGACUCGCG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bla-Mir-12489-P1b_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CGAGCCUCGACUCACCACUGCU -59
Get sequence
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